Pienistä ja keskisuurista yrityksistä vastaava toimeenpanovirasto hallinnoi pienyritysten kilpailukykyä tukevia EU-ohjelmia ja tutkimus-, ympäristö-, energia- ja kalastusalan ohjelmia.

Innovoinnin ja verkkojen toimeenpanovirasto hallinnoi liikenteen, energian ja televiestinnän alan EU-ohjelmia.

Euroopan koulutuksen ja kulttuurin toimeenpanovirasto (EACEA) hallinnoi seuraavien alojen EU-rahoitusohjelmia: koulutus, kulttuuri, audiovisuaaliala, urheilu, kansalaisuus ja vapaaehtoispalvelu.

Euroopan tutkimusneuvoston toimeenpanovirasto hallinnoi EU:n tutkimusohjelmia.

Tutkimuksen toimeenpanovirasto on tutkimuksen ja innovoinnin rahoituselin. Se hallinnoi EU:n tutkimusapurahoja.