Pienistä ja keskisuurista yrityksistä vastaava toimeenpanovirasto hallinnoi pienyritysten kilpailukykyä tukevia EU-ohjelmia ja tutkimus-, ympäristö-, energia- ja kalastusalan ohjelmia.

Innovoinnin ja verkkojen toimeenpanovirasto hallinnoi liikenteen, energian ja televiestinnän alan EU-ohjelmia.

Euroopan koulutuksen ja kulttuurin toimeenpanovirasto (EACEA) hallinnoi seuraavien alojen EU-rahoitusohjelmia: koulutus, kulttuuri, audiovisuaaliala, urheilu, kansalaisuus ja vapaaehtoispalvelu.

Euroopan tutkimusneuvoston toimeenpanovirasto hallinnoi EU:n tutkimusohjelmia.

Euroopan kiertotaloutta ja biopohjaisia ratkaisuja edistävä yhteisyritys (CBE-yhteisyritys) tukee biopohjaisten teollisuudenalojen kehittämistä Euroopassa.

Euroopan rautatiet -yhteisyrityksen tavoitteena on toteuttaa EU:hun joustava, kestävä, luotettava ja yhdennetty suuren kapasiteetin rautatieverkko matkustajien ja rahdin kuljettamista varten.

Euroopan suurteholaskennan yhteisyritys (EuroHPC) pyrkii kehittämään maailmanluokan suurteholaskentaekosysteemin EU:ssa.

Tutkimuksen toimeenpanovirasto on tutkimuksen ja innovoinnin rahoituselin. Se hallinnoi EU:n tutkimusapurahoja.

Globaalin terveyden EDCTP3-yhteisyritys tukee tutkimusyhteistyötä, jonka tavoitteena on kehittää helposti saatavilla olevia, soveliaita ja kohtuuhintaisia lääketieteellisiä toimenpiteitä köyhyyteen liittyvien tartuntatautien torjumiseksi Saharan eteläpuolisessa Afrikassa.

Euroopan terveys- ja digitaaliasioiden toimeenpanovirasto (HaDEA) vastaa Euroopan komission tavoitteeseen auttaa rakentamaan covid-19-pandemian jälkeistä Eurooppaa, joka on aiempaa vihreämpi, digitaalisempi, kestävämpi sekä nykyisistä ja tulevista haasteista paremmin selviytyvä.

Innovatiivisen terveydenhuollon aloitteen yhteisyritys siirtää terveysalan tutkimuksen ja innovoinnin tulokset käytäntöön potilaiden ja yhteiskunnan konkreettisiksi hyödyiksi ja tekee Euroopan terveysalasta maailmanlaajuisesti kilpailukykyisen.

Keskeiset digitaaliteknologiat -yhteisyritys vahvistaa EU:n strategista riippumattomuutta elektronisten komponenttien ja järjestelmien alalla.

Puhtaan ilmailun yhteisyrityksessä kehitetään innovatiivisia teknologioita, joiden avulla voidaan vähentää ilma-alusten hiilidioksidipäästöjä ja melua.

Puhtaan vedyn yhteisyritys tukee vetytekniikan tutkimusta ja innovointia Euroopassa.

SESAR 3 -yhteisyrityksen tavoitteena on tutkimuksen ja innovoinnin avulla nykyaikaistaa eurooppalaisen ilmaliikenteen hallintajärjestelmää ja nopeuttaa digitaalisen eurooppalaisen ilmatilan luomista.