Táto výkonná agentúra Komisie riadi programy EÚ, ktoré pomáhajú malým podnikom udržať si konkurencieschopnosť, ako aj programy týkajúce sa výskumu, životného prostredia, energetiky a odvetvia rybolovu.

Výkonná agentúra pre inovácie a siete riadi programy EÚ v oblasti dopravy, energetiky a telekomunikácií.

Európska výkonná agentúra pre vzdelávanie a kultúru (EACEA) riadi financovanie vzdelávania, kultúry, audiovizuálneho sektora, športu, občianstva a dobrovoľníctva.

Výkonná agentúra Európskej rady pre výskum riadi programy EÚ pre výskum.

Výkonná agentúra pre výskum je orgán financujúci výskum a inovácie. Spravuje výskumné granty EÚ.

Výkonná agentúra pre zdravie a digitalizáciu (HaDEA) realizuje cieľ Európskej komisie pomôcť pri obnove Európy po pandémii ochorenia COVID-19 tak, aby sa nová Európa stala ekologickejšou, digitálnejšou, odolnejšou a lepšie pripravenou na súčasné a budúce výzvy.

Spoločný podnik SESAR 3 využíva výskum a inovácie na modernizáciu európskeho systému manažmentu letovej prevádzky a urýchlenie dosiahnutia digitálneho európskeho neba.

Spoločný podnik Globálne zdravie EDCTP3 podporuje kolaboratívny výskum zameraný na vývoj prístupných, vhodných a cenovo dostupných lekárskych zásahov na boj proti infekčným chorobám súvisiacim s chudobou v subsaharskej Afrike.

Spoločný podnik pre čisté letectvo vyvíja inovačné technológie na zníženie emisií CO2 z lietadiel a hluku.

Spoločný podnik pre čistý vodík podporuje výskum a inovácie v oblasti vodíkových technológií v Európe.

Spoločný podnik pre európske obehové hospodárstvo využívajúce biologické materiály pracuje na rozvoji konkurencieschopných priemyselných odvetví využívajúcich biologické materiály v Európe.

Spoločný podnik pre európske železnice sa usiluje vytvoriť vysokokapacitnú, flexibilnú, udržateľnú, spoľahlivú a integrovanú železničnú sieť EÚ pre európsku osobnú a nákladnú dopravu.

Spoločný podnik pre európsku vysokovýkonnú výpočtovú techniku pracuje na vývoji superpočítačového ekosystému svetovej úrovne v EÚ.

Spoločný podnik pre iniciatívu Inovatívne zdravotníctvo pretavuje výsledky výskumu a inovácií v oblasti zdravia do skutočných prínosov pre pacientov a spoločnosť a vďaka nemu sa európsky zdravotnícky priemysel stáva celosvetovo konkurencieschopným.

Spoločný podnik pre kľúčové digitálne technológie posilňuje strategickú autonómiu EÚ v odvetví elektronických komponentov a systémov.