Pienistä ja keskisuurista yrityksistä vastaava toimeenpanovirasto hallinnoi pienyritysten kilpailukykyä tukevia EU-ohjelmia ja tutkimus-, ympäristö-, energia- ja kalastusalan ohjelmia.

Euroopan ilmasto-, infrastruktuuri- ja ympäristöasioiden toimeenpanovirasto (CINEA) hallinnoi Euroopan komission ohjelmia, joilla edistetään hiilestä irtautumista ja kestävää kasvua.

Euroopan koulutuksen ja kulttuurin toimeenpanovirasto (EACEA) hallinnoi seuraavien alojen EU-rahoitusohjelmia: koulutus, kulttuuri, audiovisuaaliala, urheilu, kansalaisuus ja vapaaehtoispalvelu.

Euroopan tutkimusneuvoston toimeenpanovirasto hallinnoi EU:n tutkimusohjelmia.

Tutkimuksen toimeenpanovirasto on tutkimuksen ja innovoinnin rahoituselin. Se hallinnoi EU:n tutkimusapurahoja.